Российская подводная лодка специального назначения с ракетным вооружением таинственно исчезает в Гренландском море во время выполнения секретной операции. На её поиски направляется команда под руководством Виктора Воронина, чей старший брат был капитаном пропавшего судна. Перед моряками стоит сложнейшая задача — во что бы то ни стало обнаружить субмарину и предотвратить попадание новейшего секретного оружия в руки противника.
Параллельно из-за геологических изысканий на полярной станции в северных водах пробуждается Кракен — гигантское морское чудовище, способное растворяться в подводной темноте и обладающее недюжинным интеллектом. Именно с этим существом и предстоит встретиться морякам, ведущим поиски пропавшей подводной лодки.